Mặc dù không xảy ra chiến tranh trên bộ tại Việt Nam trong suốt Chiến tranh thế giới thứ hai, nền kinh tế của đất nước bị thiệt hại nặng nề, rồi nạn đói năm Ất Dậu, 1944-1945 làm cho tình hình càng tồi tệ hơn. Cộng đồng Tin Lành còn non trẻ đang trên đường xây dựng một giáo hội tự lập, tự trị cũng bị tác động mạnh. Vì khó khăn kinh tế, nhiều giáo đoàn không thể cấp dưỡng đầy đủ cho các quản nhiệm, và một số nhà thờ bị buộc phải đóng cửa. Trường Kinh Thánh Đà Nẵng cũng bị ảnh hưởng nghiêm trọng.[44] Tuy nhiên, trong vòng hội thánh dấy lên tinh thần tương thân tương trợ, đặc biệt là khi quyên góp trợ giúp tín hữu miền Bắc đang gánh chịu nạn đói.[45]

Tháng 8, 1942, Hội đồng Tổng Liên hội tổ chức tại Đà Nẵng bổ nhiệm ban quản trị tài sản giáo hội, và bầu Mục sư Lê Văn Thái làm Hội trưởng thay thế Mục sư Lê Đình Tươi đang đau nặng.[46]

Sau khi người Nhật chiếm đóng Việt Nam, dù bị hạn chế trong đi lại, những nhà truyền giáo vẫn được hưởng sự tự do tương đối, Trường Kinh Thánh và Nhà in Tin Lành vẫn tiếp tục hoạt động. Tháng 4, 1943, người Nhật ra lệnh cho chính phủ Pháp tập trung tất cả nhà truyền giáo để quản thúc trong một trại binh ở Mỹ Tho.[47] Đến tháng 9, sau khi một số nhà truyền giáo và trẻ em được hồi hương theo một thỏa thuận giữa hai chính phủ Mỹ-Nhật, chỉ còn 17 người bị quản thúc cho đến khi chiến tranh kết thúc, trong số đó có một người qua đời trong trại trập trung vì bị mắc bệnh mà không được chữa trị.[48] Trong thời gian bị cầm giữ, Mục sư William C. Cadman tiếp tục biên soạn cuốn Thánh Kinh Từ điển, trong khi Mục sư J. D. Olsen hiệu đính quyển Thần đạo học, và một số sách khác của ông.[49]

Sau khi Nhật đầu hàng, các nhà truyền giáo được trả tự do, về Sài Gòn và hồi hương, ngoại trừ các ông bà E. F. Irwin, D. I. Jeffrey, và Cadman, những người này quyết định ở lại để giúp đỡ tín hữu Việt Nam. Cuối tháng 11 năm 1945 chỉ còn ông bà Cadman ở lại, nhưng sau khi bà Cadman từ trần trong tháng 4 năm 1945, William Cadman là "nhà truyền giáo duy nhất ở trong xứ và là người điều hành duy nhất của Hội Truyền giáo Phúc âm Liên hiệp tại Đông Dương".[50]

Sự luận giải Kinh Thánh cách sai lệch của quản nhiệm Nhà thờ Vinh, Trần Như Tuân, một mục sư học thức và có sức thu hút, đã gây chia rẽ trong hội thánh trong một thời gian. Nhằm ấn định ngày Chúa Giê-xu tái lâm, ông Tuân thực hiện những phép tính rắc rối cũng như tham khảo nhiều nguồn tài liệu và Kinh Thánh để tuyên bố rằng ngày Chúa tái lâm sẽ là 30 tháng 9 năm 1944. Ngày này qua đi mà không xảy ra biến cố nào, ông lại khẳng định Chúa sẽ trở lại ngày 1 tháng 10 năm 1945. Ông đến nhiều nơi để thuyết giảng, tranh luận, và thuyết phục được nhiều người, mặc dù những nhà lãnh đạo giáo hội đã bác bỏ[51] và cấm truyền bá giáo lý ấy.[52]

Từ năm 1948 đến 1950 được xem là giai đoạn củng cố và phục hồi của giáo hội sau khi gánh chịu nhiều mất mát do chiến tranh và những biến động xã hội, thì trong thời kỳ 1951 -1954 cộng đồng Tin Lành phát triển và mở rộng công cuộc truyền bá phúc âm. Nhiều giáo đoàn mới được thành lập trên khắp xứ sở. Trường Kinh Thánh Đà Nẵng tập trung đào tạo nhân sự cho giáo hội. Chương trình phát thanh Tin Lành do Mục sư C. E. Travis khởi xướng năm 1951, được điều hành bởi một ủy ban của Tổng Liên hội, ghi âm chương trình phát thanh để được phát sóng từ một đài phát thanh Tin Lành tại Manila, Philippines.[53] Cô nhi viện Tin Lành với một trường tiểu học và các lớp huấn nghiệp khánh thành ngày 4 tháng 9 năm 1953 tại Hòn Chồng, Nha Trang, được xây dựng trên khu đất rộng 18 mẫu Anh để lại cho giáo hội theo di chúc của William C. Cadman.[54] Giáo hội cũng đẩy mạnh công cuộc truyền giáo cho các sắc dân thiểu số ở Tây Nguyên.[55]